Clara e o Doutor continuam presos na linha do tempo do Doutor, e a única saída é abrir a porta para os dias mais sombrios do Doutor, "A Guerra do Tempo". Segredos, mentiras e memórias que já estavam muito tempo enterradas serão reveladas.
A história de Persona 3 realiza-se em uma cidade japonesa moderna, construída e financiada pela Kirijo Corporation. Devido aos acontecimentos ocorridos no passado, há uma "Dark Hour": um período de tempo que existe entre a meia-noite e o próximo dia que só poucas pessoas podem ver; aqueles que não estão conscientes se encontram congelados em caixões. A Dark Hour traz a curva da realidade; a Gekkoukan High School, onde a maioria dos personagens frequentam a escola durante o dia, à noite se torna um enorme torre com labirintos chamada "Tartarus", que possui bestas chamadas Shadows que estão à vagar e proteger certas áreas, às que se encontram fora do Tartarus, predam sobre as mentes das pessoas ainda consciente durante esse tempo, deixando as vítimas em estado quase catatônico fora da Dark Hour.
A destemida e otimista Anna sai em uma jornada épica, ao lado de Kristoff e sua leal rena Sven, para encontrar sua irmã Elsa, cujos poderes congelantes aprisionaram o reino de Arendelle em um inverno eterno. Encontrando condições de Everest, trolls místicos e um hilário boneco de neve chamado Olaf, Anna e Kristoff enfrentam obstáculos em uma corrida para salvar o reino.