Num futuro próximo, o aquecimento global dizima as plantações da terra e o comódite mais precioso passa a ser a comida. Nesse contexto, a Indonésia se torna uma nova potência, mas após um golpe de estado, o novo partido decide sacrificar seu povo para lucrar com a exportação. Quando tudo parece perdido, um grupo de ex soldados se reúne para impedir o genocídio - ou morrer tentando.
2112; no verão anterior, Akane Tsunemori foi designada para a Divisão Um do Departamento de Investigação Criminal da Secretaria de Segurança Pública. Teppei Sugo, um piloto bem-sucedido da 15ª Força-Tarefa Integrada do Exército de Defesa, junta-se à operação militar em Okinawa. Três meses depois, um drone de combate não tripulado abre fogo contra o Ministério da Defesa em Tóquio. O executor Tomomi Masaoka da Divisão 1 do CID é despachado para a base militar de Sugo para investigar a verdade por trás deste caso.
A Colegial Tree Gelbman acorda horrorizada ao saber que está presa em um universo paralelo. Seu namorado Carter está agora com outra pessoa, e seus amigos e colegas parecem ser versões completamente diferentes de si mesmos. Quando Tree descobre que o colega de quarto de Carter está alterando o tempo, ela se vê mais uma vez como alvo de um matador mascarado. Quando o psicopata começa a ir atrás de seu círculo íntimo, Tree logo percebe que ela deve morrer repetidamente para salvar a todos.
Para o mundo exterior, Joanne é uma mulher pacata, dona de uma livraria e que vive sua vida como qualquer pessoa comum. Todavia, para um grupo autodenominado "A Conspiração", essa mulher é muito mais que isso: Joanne é uma liderança silenciosa que sabe muito quem aonde quer chegar e que não medirá esforços para alcançar seus objetivos – um potencial que ela mesma não sabe que tem. Quando Joanne é sequestrada e desperta trancada dentro do que parece ser uma igreja, ela passar por diversos tipos de tortura psicológica numa tentativa de decifrar o que ela realmente sabe e qual sua real missão.