A história se passa vários anos após o plano “Zero Requiem” de Lelouch. Ele sacrificou sua vida para salvar o mundo e proteger aqueles que amava. O dia em que Lelouch vi Brittannia caiu foi o dia em que este mundo devastado pela guerra encontrou a paz. Agora, enquanto seus amigos trabalham para manter a paz, um ataque terrorista pode colocar tudo em risco. Será que o brilhante estrategista conseguirá enganar a morte e salvar todos? Ou será que o legado de Lelouch terminará aqui?
Em uma realidade pós-apocalíptica, onde quase toda a população feminina foi devastada, um pai precisa proteger sua filha do caos que se espalhou pela sociedade. Ela é a única menina sobrevivente de que se tem notícia e, mesmo dez anos após a pandemia que tirou a vida de todas as mulheres, incluindo sua mãe, Rag e seu pai ainda precisam lutar diariamente por sobrevivência.
No ano de 2500, a Terra passa por um difícil período de sobrevivência enquanto o sol fica cada vez mais perto de seu desaparecimento completo. Para tentar salvar a raça humana, um destemido grupo de jovens enfrenta o desafio de restabelecer a ordem e embarca em uma viagem para fora do nosso sistema solar.