Kisaragi é transformado em ciborgue após experimentos que sofreu e se vê pressionado por várias organizações. Durante a fuga acaba envolvendo um velho conhecido e sua irmã.
Quando uma missão ousada leva uma equipe de submarinos em alto mar a uma misteriosa abertura no fundo do oceano, eles descobrem um mundo subaquático perdido e despertam sua antiga raça de seres sobrenaturais.
Quando as forças implacáveis do Mundo-Mãe ameaçam um pacato vilarejo agrícola numa lua distante, uma misteriosa forasteira torna-se sua maior esperança de sobrevivência.