Após a invasão soviética em 1956, um casal de revolucionários húngaros tenta deixar Budapeste no último trem de refugiados. As histórias dos passageiros se conectam em um intricado jogo de xadrez em que nada é o que parece.
Um oficial da Marinha é julgado por motim, após ter assumido o comando do Capitão de um navio, que ele considerava estar agindo de forma instável, colocando em perigo o navio e sua tripulação.
A história heróica do capitão Witold Pilecki, um soldado da Segunda Guerra Mundial que expôs as atrocidades cometidas em Auschwitz, ganha vida neste filme biográfico arrebatador.
Comandante se passa no início da Segunda Guerra Mundial. Em outubro de 1940, enquanto navegava no Atlântico na calada da noite, o comandante Todaro se deparou com um navio mercante armado que viajava com as luzes apagadas, que ele posteriormente afundou com tiros de canhão. Ele então decide salvar os 26 marinheiros belgas fadados a se afogar no meio do oceano, transportando-os para o porto seguro mais próximo, conforme exige a lei do mar. Mas, para recebê-los em seu submersível, ele é forçado a navegar no nível da superfície por três dias, tornando sua própria embarcação visível para as forças inimigas e colocando em risco sua própria vida e a de seus homens.
Quando Jacob, o diretor de uma escola recebe ordens de acomodar mais de 500 refugiados civis alemães nos últimos dias da ocupação, ele e sua esposa Lis enfrentam um dilema. Se ajudarem os refugiados, eles serão considerados traidores. No entanto, se não ajudarem, muitos morrerão. Ao mesmo tempo, descobrem que seu filho de 12 anos começou a ajudar o movimento de resistência. A família é levada ao limite e Jacob e Lis devem agora fazer uma escolha que mudará suas vidas para sempre...