Na trama, os jovens gênios Isa (Sophia Rosa), Tom (Enzo Ignácio) e Linus (Murilo Gricolo), precisam salvar a memória de Einstein, um dos robôs mais antigos da escola. Para realizar essa missão, eles vão atrás da ajuda de um misterioso cientista, que vive recluso com sua filha Nano (Ana Carolina Leite) em um lugar onde humanos não são bem-vindos: o Laboratório Perfekta.
Para salvar o futuro, Marinette, agora Chronobug, deve se unir a Bunnyx para resolver o mistério de quem descobriu a identidade secreta de Ladybug. Porque essa pessoa também conseguiu obter o Miraculous da Joaninha, e todos aqueles na Caixa dos Miraculous. Durante suas aventuras, as heroínas descobrem que o ladrão que descobriu o segredo final também é o novo portador do Miraculous da Borboleta. A única esperança de Marinette é ter sucesso em encontrar esse adversário que está escondido em algum lugar no tempo. Caso contrário, será o fim de Ladybug.