Em algum tempo no passado, quando o mundo mergulhou em um profundo silêncio, as coisas tomaram consciência de si mesmas.
O filme conta a história de Gyroaxia, a banda de cinco membros vinda de Sapporo. Os membros decidiram mudar-se para Tóquio. Com lutas internas, os rumores da sua separação espalharam-se como um incêndio online, e os membros encontram-se a seguir caminhos separados. Enquanto isso, o vocalista Nayuta Asahi relembra a sua infância com o seu pai Kōga Iryū, e tenta descobrir por que ele não desistiu de seus sonhos de banda.
Há algum tempo, este mundo foi criado por uma garota, e depois destruído por ela para desabafar sua frustração com a realidade. Foi Gridman, o Hiper Agente, o monstro humano que ela criou, Yuta Hibiki e seus amigos que salvaram seu coração. Yuta Hibiki tinha acabado de se tornar um estudante do segundo ano do ensino médio e decidiu revelar seus sentimentos à sua colega de classe, Rikka. Porém, Kaiju apareceu de repente e começou a atacar a cidade. Gridman voltou da dimensão alternativa e disse a Yuta que mundos de diferentes dimensões que antes estavam em harmonia estavam perdendo rapidamente o equilíbrio. Quando o dragão vermelho Dyan Rex, os apoiadores do Gridman chamados “Neon Genesis Junior High Students” e os residentes de um mundo alternativo, Yomogi Asanaka e seus amigos apareceram um por um, Yuta foi mais uma vez apanhado em uma grande crise…