Quando Yuta Okkotsu era pequeno, sua amiga Rika Orimoto morreu num acidente de trânsito, bem na sua frente. Ela se tornou uma aparição, assombrando o jovem e atormentando a sua vida, até o dia em que Satoru Gojo, um feiticeiro Jujutsu, o convida para se matricular no Colégio Jujutsu. Junto com seus novos colegas de sala: Maki Zen'in, Toge Inumaki e Panda, Yuta encontra a coragem para perseverar. Enquanto isso, Suguru Geto, um vil manipulador de maldições que foi expulso do colégio por massacrar inocentes, põe em prática seu plano: lançar mil maldições em Shinjuku e em Kyoto e exterminar todos os não-feiticeiros, criando um paraíso para feiticeiros Jujutsu. Será que Yuta será capaz de impedir Geto? E o que acontecerá quando ele se livrar da maldição da Rika?
Motoko Kusanagi e a Seção 9 encaram uma nova ameaça em 2045 neste filme que reconta a história da primeira temporada de Ghost in the Shell: SAC_2045.