Ellen Jones é uma agente do governo com a missão de neutralizar um professor que está negociando informações sigilosas. Mas após ele revelar uma poderosa fonte de inteligência, ela decide poupar sua vida. Os dois embarcarão em uma jornada para salvar o destino da humanidade, enquanto são perseguidos por um misterioso caçador de recompensas.
Após uma falha no sistema, um programa de inteligência artificial se apaixona por uma mulher e invade o corpo de um homem para tentar conquistá-la.
Em uma Tóquio abandonada e repleta de bolhas e anormalidades gravitacionais, um jovem talentoso e uma garota misteriosa têm um encontro fatídico.