Devido à destruição da natureza, à perturbação do ecossistema e também às guerras maciças que utilizaram bombas nucleares e armas biológicas desde o século XX, a Terra caiu em ruínas. O solo colapsou e ficou poluído, e muitas espécies de plantas e animais tornaram-se extintas. A Terra enfrentou a sexta extinção em massa: os Seis Grandes. Durante esse tempo, os humanos construíram a polícia aeroespacial para salvar espécies ameaçadas. Nesta cidade isolada no céu, várias espécies de animais evoluíram ao longo dos anos através de acasalamento geneticamente modificado. Como resultado, eles começaram a andar em duas pernas e adquiriram linguagem. Hoje, eles construíram uma civilização e levam vidas pacíficas. Ninguém mais pensa no mundo terrestre lá fora ―― Um dia, crianças na polícia aeroespacial encontram uma semente desconhecida do lado de fora. E a aventura deles no mundo terrestre invisível começa! ―― Sem saber que, uma vez que desçam ao solo, eles nunca mais poderão voltar...
A última guerra estourou. Todas as pessoas estão mortas, mas as máquinas continuam seguindo as ordens obedientemente. Na base automática, as máquinas abastecem e carregam as armas do último bombardeiro sobrevivente, preparando-se para lançar bombas na cidade inimiga morta. Isso acontece até que o eco da humanidade desapareça completamente. Então vem uma nova era em que não há lugar para nós.
Quando o apresentador de TV Carlos Kurozaki invade uma misteriosa pirâmide subterrânea para um programa de TV, ele encontra uma joia especial e involuntariamente liberta um monstro diabólico chamado Zaigorg! A criatura maligna quer a joia que Kurozaki pegou. Então ela cria um exército de kaijus gigantes para obtê-la! Cabe aos famosos super-heróis Ultraman X, Ultraman Tiga e o Ultraman original pararem a guerra mundial de monstros!
Segundo filme da nova série de Digimon Adventure.