Em Minnesota na década de 1980, um homem (Ethan Hawke) é preso por abusar sexualmente da própria filha (Emma Watson). Embora não se lembre do evento, ele se declara culpado. Auxiliado por psicólogos, ele revive os momentos e até acusa um policial de ter participado do crime, porém, ele começa a desconfiar da existência de uma conspiração nacional.
Em um casarão distante, mora uma família religiosa e aparentemente incompleta: uma mãe e suas duas filhas. Até a chegada de um novo membro, que traz consigo uma ameaça iminente.
Aos 11 anos de idade, Nicolas vive em um pequeno vilarejo à beira do mar, acompanhado por sua mãe. O local não tem nenhuma atividade, a não ser pelo hospital, onde todos os garotos são submetidos a estranhas experiências médicas destinadas a frear os passos da evolução. Para criar o roteiro, a diretora Lucile Hadzihalilovic afirma ter se inspirado de romances fantásticos como "A Ilha do Doutor Moreau".
Os irmãos Baxter e Annie, criados em uma família pouco convencional, se reúnem para voltar para casa e visitar seus pais. Mas uma surpresa os aguarda: seus pais desapareceram sob circunstâncias suspeitas.
Norte da Inglaterra, 1912. Um misterioso Inspetor, chamado Goole, investiga a milionária família Birling e seus convidados de jantar após o suicídio de uma jovem.