O enredo do filme segue o do jogo de perto. Nariko, membro de uma antiga tribo que guardou uma antiga espada mágica por milhares de anos, é encarregada de levar a espada ao seu portador destinado, uma divindade reencarnada que trará paz à terra. Mas em sua busca, Nariko deve empunhar a espada contra as forças do rei Bohan, que deseja possuir a arma.
Após a batalha entre os Autobots e os Decepticons, que arrasou Chicago, os gigantescos robôs alienígenas desapareceram. Atualmente, eles são caçados pelos humanos, que não desejam passar por apuros novamente. Porém, enquanto a humanidade tenta se recuperar dessa terrível batalha, uma nova ameaça paira sobre a Terra.
Bem-vindo a bordo do Junior Express! Siga as pistas e adivinhe o destino da viagem enquanto se junta a Topa e a turma cantando, dançando e brincando.
Lupin e Jigen estão de olho em um tesouro chamado de Little Comet, localizado no país de Doroa Oriental. O país fortificou sua fronteira depois que uma cantora chamada Queen Malta foi assassinada no país vizinho, Doroa Ocidental. Apesar dos dois países serem inimigos, Lupin e Jigen ainda planejam roubar o tesouro. Durante o assalto, Jigen quase foi morto por um franco-atirador chamado Yael Okuzaki. Sua especialidade é preparar sepulturas para seus alvos antes de executar suas mortes. Dizem que ninguém sobreviveu após Yael fazer uma sepultura para um alvo.