Esta é a história de dois homens não identificados que foram crucificados ao lado de Jesus e como eles vieram para estar ao lado dele na cruz naquele dia fatídico.
Anos após o misterioso assassinato de seus pais, uma mulher traumatizada ganha poderes sobrenaturais que ajudam em sua busca por vingança contra os assassinos.
O Livro da Ruína, que deveria ter sido selado, é lançado junto com o misterioso espadachim imortal, Bacht. A escuridão transborda do livro, fazendo com que o mundo real e o Mundo das Maravilhas desapareçam. Touma Kamiyama, ao lado de membros da Sword of Logos, desafia Bacht para uma batalha decisiva para acabar com essa situação.
Um grupo das crianças mais espertas de um orfanato aparentemente perfeito descobre seu segredo obscuro e põe em ação um plano de fuga perigoso e desesperado.