Em Fujiwara, onde os céus brilham e os mares brilham, Sakuta Azusagawa está em seu segundo ano do ensino médio. Seus felizes dias com sua namorada e veterana, Mai Sakurajima, são interrompidos com a aparição de sua primeira paixão, Shoko Makinohara. Por razões desconhecidas, ele encontra duas Shokos: uma no ensino médio e outra que se tornou adulta. Como Sakuta se vê vivendo desamparado com Shoko, a Shoko adulto o leva pelo nariz, causando uma enorme brecha em seu relacionamento com Mai. Em meio a tudo isso, ele descobre que Shoko, do ensino médio, está sofrendo de uma doença grave e sua cicatriz começa a latejar…
O jogo se passa no continente de Babel, onde a Torre de Babel se estende por sete nações. Depois que a invenção da alquimia levou ao seu uso como uma ferramenta de guerra que levou a humanidade à beira da extinção, as sete nações alcançaram uma paz inquietante que levou à proibição da alquimia por centenas de anos desde então. No Ano Continental de 911, a nação de Lustrice rompeu o pacto ao reunir um exército amparado pela alquimia, com ambições de conquista do continente. Liderados por Envylia, as seis nações se aliaram e derrubaram a nação rebelde, lançando a alquimia mais uma vez nas trevas. Porém, 20 anos após a guerra, a alquimia mais uma vez começa a causar o caos na terra.
De castigo em seu quarto por ter feito mil e uma travessuras em sua escola nos últimos dias, Thomas – um menino metido a valentão – se depara com um misterioso livro deixado por sua irmã em seu quarto. Ao ler o nome do livro em voz alta, “Conte Sua História ou Entregue Sua Alma”, Thomas inicia uma jornada fantástica e apavorante que o fará refletir sobre a maneira desrespeitosa como trata seus amigos e colegas de colégio.