A história do anime é ambientada no ano de 2202, três anos após o retorno do Yamato do planeta Iscandar. As pessoas da Terra restauraram seu planeta com o Cosmo Reverse System e assinaram um tratado de paz com Garmillas. Além da reconstrução, a Terra desenvolveu uma nova frota de defesa que inclui o state-of-the-art do navio de guerra Andrômeda. A Terra segue um caminho de expansão militar, apesar dos desejos de Starsha Iscandar. O Yamato ajuda a realizar essa chamada paz, mas tem o preço de muitos sacrifícios inestimáveis. A deusa Teresa, que reza pela tranqüilidade no espaço, chama os Yamato para uma nova viagem. A ameaça de Gatlantis está varrendo o universo e se aproximando da Terra.
Gloria foi sequestrada há cinco anos por um culto satânico os quais os membros se sacrificaram em seguida. Achando estar segura, ela tenta superar o ocorrido quando se vê novamente num pesadelo após um membro sobrevivente a perseguir, revelando que dentro dela vem crescendo um demônio durante todo esse tempo.
Moscou, anos 2070. A guerra nuclear destruiu toda a civilização. Devido ao desastre ambiental, o núcleo da Terra libera partículas de theta previamente desconhecidas que queimam tudo o que está vivo. A cidade é uma simbiose incompreensível de antigos rituais de sacrifício e destroços das últimas tecnologias. Em um bunker selado nas ruínas pós-apocalípticas de Moscou, os jovens lutam uns contra os outros em um torneio de dança mortal. Somente os vencedores viverão.