A história se passa em Kojima, prefeitura de Okayama no ano 2020, dois dias após a data programada dos Jogos Olímpicos de Tokyo. Kokone vive com seu pai, que está sempre trabalhando na modificação de carros. Quando ela começa a investigar um sonho estranho que tem se repetido, Kokone descobre um segredo sobre sua família.
Um ex-militar viaja com um grupo de desbravadores até a mítica Ilha da Caveira, onde seu irmão desapareceu enquanto procurava o Titan, soro que teria o poder de curar todas as doenças. Além de resgatar o irmão, o homem irá enfrentar as criaturas que habitam o local. A equipe de exploradores se aventura nas profundezas da ilha desconhecida no Pacífico, que é tão bonita quanto traiçoeira, sem saber que estão atravessando para o domínio do mítico Kong.
A hora final do popular jogo de realidade virtual Yggdrasil chegou. No entanto, Momonga, um poderoso mago e mestre da guilda negra Ainz Ooal Gown, decide passar seus últimos momentos no jogo quando os servidores começam a desligar. Para sua surpresa, apesar do relógio ter atingido a meia-noite, Momonga ainda está totalmente consciente como seu personagem e, além disso, os NPCs parecem ter desenvolvido personalidades próprias! Confrontado com esta situação anormal, Momonga comanda seus leais servos para ajudá-lo a investigar e assumir o controle desse novo mundo, com a esperança de descobrir o que causou esse desenvolvimento e se há outros na mesma situação.
A história do filme começa quando Arata toca inadvertidamente "Hermes Apocrypha", Grimoire de Lilith. De repente, ele é envolto por uma luz branca brilhante, e uma menina aparece diante dele. Ela se chama Lilim e trata Arata e Lilith como seus pais. Ao mesmo tempo ela aparece, algo muda no mundo. A Proibida Biblioteca Eterna desperta. Na Biblioteca é selado o culminar final da Alquimia, o Senhor Branco Demônio. O Lorde do Demônio Branco trama para eliminar Arata e a Trindade Sete para usurpar a posição de Demônio Senhor. Bristling com poder incalculável, o White Demon Lord ataca Arata, e desencadeia uma crise desesperada onde Arata e Trinity Seven devem salvar o mundo nesta última batalha.