O jogo se passa no continente de Babel, onde a Torre de Babel se estende por sete nações. Depois que a invenção da alquimia levou ao seu uso como uma ferramenta de guerra que levou a humanidade à beira da extinção, as sete nações alcançaram uma paz inquietante que levou à proibição da alquimia por centenas de anos desde então. No Ano Continental de 911, a nação de Lustrice rompeu o pacto ao reunir um exército amparado pela alquimia, com ambições de conquista do continente. Liderados por Envylia, as seis nações se aliaram e derrubaram a nação rebelde, lançando a alquimia mais uma vez nas trevas. Porém, 20 anos após a guerra, a alquimia mais uma vez começa a causar o caos na terra.
Na Tóquio do ano de 2036, uma revolução na medicina eliminou todas as doenças, garantindo um tempo de vida de 120 anos para cada cidadão. Porém, a disparidade econômica cresceu de maneira astronômica e aqueles que não estão conectados à nanotecnologia que concede saúde a todos criam mutações e malformações. Considerado um desses humanos malformados, Youzou Oba é um motoqueiro que descobre habilidades super humanas em sua condição.
Retorno ao Hotel Terror é um longa-metragem antológico com 4 segmentos. Um é sobre percevejos gigantes, um é sobre um amuleto mágico que deixa garotas bonitas, um é sobre um marinheiro da Segunda Guerra Mundial que não envelheceu e um é sobre uma mão decepada aterrorizante.
Jonas, voltando do trabalho, começa a sofrer com uma dor de barriga e, para piorar, nenhum elevador do seu prédio encontra-se imediatamente disponível. A situação exige que ele tenha paciência, mas será que seu intestino permite?
Inverno, noite de luar - Duas mulheres com uma criança caminham pela floresta. E em algum lugar próximo, um lobisomem vagueia em busca de uma vítima. Ou uma besta, ou um homem, ou um fantasma.
Quando criança, Molly presenciou a abordagem de dois agentes do MIB aos seus pais, apagando a memória deles acerca da súbita aparição de um ser extraterrestre. Como estava escondida, a garota não foi atingida pela ação. Obcecada pelos mistérios do universo, ela cresceu com o sonho de ingressar no MIB. Após muita pesquisa, ela consegue descobrir a sede da agência e lá se candidata a uma vaga, sendo aceita por O. Ainda em experiência, e agora renomeada como agente M, ela é enviada a Londres para investigar algo estranho que tem ocorrido na agência local. É quando conhece o agente H, de grande renome pelos seus feitos no passado mas uma certa arrogância e displicência na execução do trabalho.