Um grupo de pessoas desconhecidas acorda a bordo de uma espaçonave alienígena, que produz energia através de suas emoções. Dentre essas pessoas está Sera, uma jovem metade humana e metade alienígena, enviada pelo exército americano em um plano secreto conhecido como Projeto Ithaca com o objetivo de destruir a nave.
Ambientado em 1992, Charles Xavier está lidando com o fato dos mutantes serem considerados heróis nacionais. Com o orgulho a flor da pele, ele envia sua equipe para perigosas missões, mas a primeira tarefa dos X-Men no espaço gera uma explosão solar, que acende uma força malévola e faminta por poder dentro de Jean Grey.